Este puerto maneja el 7% del comercio de granos del país. Según publica el portal Primera Página, Terminal Quequén SA, compuesta por Cofro, Bunge, y Vitemar, entre otros, opera bajo una concesión vencida desde 2021. Con Axel Kicillof extendiendo el plazo hasta noviembre de 2024, la disputa por esta extensión sigue causando tensiones en la política nacional. La exigencia del gobierno provincial de reservar un 30% de las cargas para pequeños productores es un punto de conflicto. La privatización del Puerto de Quequén, iniciada hace 30 años, ha sido objeto de controversia constante. Movimientos como la Asamblea por la Soberanía del Puerto han luchado contra lo que consideran una entrega del puerto a intereses privados.
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